Además de su trabajo como escritora, Allende también dedica gran parte de su tiempo a los derechos humanos. Tras la muerte de su hija Paula en 1992 estableció, en honor a ella, una fundación caritativa dedicada a la protección y al empoderamiento de mujeres y niñas. La fundación ha otorgado subvenciones a más de 100 organizaciones no lucrativas en todo el mundo.
Más de 8 millones han visto sus discursos TED Talks sobre cómo llevar una vida apasionada.
Ha recibido quince doctorados honoríficos, incluido uno de la Universidad de Harvard, fue admitida en el Salón de la Fama de California, recibió el Premio Nacional de Literatura de Chile en el 2010, recibió el Premio PEN Lifetime Achievement Award y el Premio Anisfield-Wolf Lifetime Achievement Award. En 2014, el presidente Barack Obama le otorgó la Medalla Presidencial de la Libertad, la distinción civil más importante de la nación, en 2018 recibió la Medalla de honor del National Book Award (premio Nacional de Literatura de EE.UU.), por su contribución al mundo de las letras estadounidenses, y en el 2024 recibió la Medalla Bodley de la Universidad de Oxford. Isabel vive en California.